Определить ОС в директивах компиляции.
#IFDEF _WIN_
#include "fs_win.h";
#ENDIF
#IFDEF _UNIX_
#include "fs_unix.h";
#ENDIF
А какую библиотеку из двух загружать при выполнении (или копировать при установке) - это дело самой программы, а не препроцессора.
У меня разные makefile'ы для Win и для Unix.
А в сорцах я так сделал
#ifdef __WIN32__
#else
#endif