Как лазить внутрь?

На счет ехе не знаю, но могу предположить, что на стадии проектирования необходимо добавить какой-то текст, а потом заменять его в ехе. То есть создаешь ехе, а в нем например объявлена глобальная переменная в которую занесен текст "11111". Ищешь в ехе эту строку и заменяешь на равнозначную, сделаешь меньше или больше - ехе грохнится. Так можно издеваться над всеми ехе, некоторые программы так и переводятся.
Что касается дискеты, то попробуй через ассембреные вставки, иначе виндовс просто не дает работать с железом. Так же можешь поискать специальные коипоненты в которых код на ассемблере уже реализован.

Как вставлять в exe вообще, я знаю, а в запущенный exe можно как-нибудь?
А насчёт ассемблерных вставок, почему-то как дело доходит до прерывания он вылетает.

Попробуй просто открывать ехе как текстовый файл
С ассемблером я тебе не помогу, так как у меня только теоритические знания
Можно конечно написать на досовском с++ то что тебе нужно и запускать из виндовозной проги досовскую как скрытую программу
А что ты вообще хочешь делать с дискетой
Если росто форматьтить, то на этом форуме я задавал такой вопрос, поищи. Там правда код на делфи, но под си переделать недолго. Так же можно воспользоваться rundll32.exe с определенными параметрами (непомню какие, но если надо посмотрю), она запускает стандартное окно форматирования дискет виндовс