Как заменить шаблон у диалога?

А в чем идея? Просто чтобы изменять в диалоге сам диалог? Ну общий способ - это просто используешь CreateWindow hDlg для этого у тя есть!
Можно просто по ID - элемента управления получить его HWND=GetDlgItem(hDlg, ID) и тоже изменять его как хочешь.
Можно просто создать в шаблоне заранее все єлементы, но те которые вначале не нужны сделать флаг visible- false а потом по мере надобности делать ShowWindow(GetDlgItem(hDlg, ID), SW_SHOW);или прятатьShowWindow(GetDlgItem(hDlg, ID), SW_HIDE);

Я щас так и делаю через ShowWindow - но это некрасиво, негибко и вообще неудобно когда у тебя на шаблоне мешанина разных контролов. У меня 2 диалога всего - 5 контролов - и то смотрится плохо - а если б 20 диалогов? А поподробнее про CreateWindow - это как? Насколько я знаю там просто создается обычный диалог поверх существующего и все. Ну как у меня раньше и было.

Не CreateWindow создает окно . Если поставить флаг WS_CHILD и в параметре HWND hWndParent уточнить родительское окно, то будет создано дочернее окно. Чтобы уточнить его способности (кнопка, или окно редактирования ,или COMBOBOX)в первом параметре lpClassName ставишь соответствуещее значение(см. в SDK)
Ну а дальше CreateWindow вернет те HWND созданного контрола и ты сможешь с ним делать все шо захош!
Например

будет создана кнопка
а так

Полоса прогресса!

А что мешает создать диалоги со стилем WS_CHILD и менять их в основном диалоге?

Для этого придется заводить основной диалог). У меня просто один диалог щас на все.