DIV'ы в IE. Лажа.
Вот сама страница - http://alex.fedoramd.org/pub/index.html
Вот ксс -
http://alex.fedoramd.org/pub/style.css
Посмотрите разницу, как отображается в Firefox и как в IE. (при разрешении 1280х1024!!!). У кого разрешение меньше - прилагаю скрины.
Не совсем понятно что вы хотите сделать но однозначно то, что height:auto; не все браузеры понимают. В опере кстати, тоже выглядит не так как в лисе ;)