запуск внешних программ [PHP]

немножко погуглил по этому вопросу
нашел функции exec и system
но похоже в моем случае они не помогут

объясню ситуацию
предположим у меня стоит сервак на колокейшене
на нем стоит LAMP как обычно
на серваке крутится некий сайт
на сайте есть форма
при отправке этой формы
данные обрабатываются на сервере и записываются в БД
далее запускается внешняя программа
и на этом работа php скрипта заканчивается

запущенная программа считывает данные из бд
производит с ними некие манипуляции
и записывает их обратно в бд

при запросе, отправленных ранее данных, с сайта производится проверка
были ли они обработаны внешней программой или еще нет
если обработка завершена то мы выводим результирующие данные


схема в принципе простая
функция system позволяет выполнить команду во внешней оболочке
также с ее помощью можно запустить внешние программы
но в моем случае внешняя программа будет выполнятся не 5 и не 10 минут
ее работа будет просто прервана по таймауту

у меня возникла мысля
с помощью system записывать в cron задачу на выполнение программы
только вот не знаю можно ли это сделать