Прерывание обновления таблицы при записи в нее из другого приложения
все-таки записи хранятся в отдельных файлах или в поле таблицы?
Два(и много больше) запроса на изменение одной и той же таблицы sql server разруливает нормально. Погуглите на тему серверных блокировок, их уровней и т.д.
Другое дело, с каким уровнем блокировок или изоляции выполняются дествия с клиента? Возможно разрешено "грязное чтение" (хинтом nolock) и из-за этого возникают проблемы, когда клиент пытается считывать данные, которые еще не записались или что-то еще. Тут уже все зависит от вашего клиента и этой "сторонней проги". Советую вооружиться профайлером и смоделировать ситуацию когда такое происходит. Все станет понятно. Если нет, то выкладывайте результаты сюда, подумаем.
Какой смысл непрерывно писать в базу длительность композиции? Лучше периодически (где-нибудь раз в 10-15 секунд) это делать.
Хм, похоже, что дело в уровнях изоляции транзакций на SQLServer.
Возможно вам стоит завернуть ваши запросы в транзакцию с уровнем SNAPSHOT.