Плагин для Protege.
Кто нибудь занимался подобным? С чего начать? Может кто что посоветует...
Да, похоже на то. Начал правда не на Эклипсе, а на Intellij IDEA. Там намного проще мануал описан. Может опыта наберусь перейду. А Вы, занимались подобным?
Нет, с Protege нет. Но с языками описаний / редакторами онтологий работал.